Najczęściej spotykane konfiguracje uzbrojenia konwencjonalnego: 84 × bomba Mk 82 ogólnego przeznaczenia 84 × mina morska Mk 62 8 × mina morska Mk 65 30 × bomba kasetowa CBU-87/89 30 × bomba kasetowa CBU-97 z minami termicznymi 30 × bomba kasetowa CBU-103/104/105 WCMD 24 × GBU-31 bomba standardu JDAM kierowana systemem GPS (głowica bojowa z bomby Mk 84 lub BLU-109) 15 × GBU-38 bomba standardu JDAM kierowana systemem GPS (głowica bojowa z bomby Mk 82) 24 × bomba Mk 84 ogólnego przeznaczenia 24 × pocisk rakietowy AGM-158 JASSM 12 × pocisk rakietowy AGM-154 JSOW
Użycie operacyjne bombowców B-1B Lancer Pierwsze bojowe zastosowanie samolotu B-1 Lancer nastąpiło podczas operacji „Desert Fox” w Iraku, w grudniu 1998 roku. Samoloty B-1 Lancer brały także udział w operacji „Allied Force” w byłej Jugosławii w 1999 roku. Dokonywały również bombardowań podczas operacji „Enduring Freedom” w Afganistanie w latach 2001–2002 oraz w trakcie operacji „Iraqi Freedom” w Iraku. 2 lutego 2024 użyte zostały do przeprowadzenia bombardowań na pozycje powiązane z proirańskimi milicjami w ramach odwetu na śmierć trzech amerykańskich żołnierzy po ataku na granicy jordańsko-syryjskiej.