Samolot jest wyposażony w osiem wyrzutników pułapek termicznych i elektromagnetycznych, zainstalowany na ogonie dodatkowy radar, ostrzegający przed samolotami i pociskami rakietowymi przeciwnika, urządzenia walki elektronicznej oraz system wabików przeciwrakietowych ALE-50.
Od momentu wprowadzenia do służby, B-1B był kilkakrotnie unowocześniany, a ostatnia modyfikacja została przeprowadzona w ramach programu Conventional Mission Upgrade Program, w celu unowocześnienia uzbrojenia naprowadzanego, takiego jak JDAM, AGM-154 JSOW i AGM-158 JASSM. Amerykańskie siły powietrzne planują, że B-1B Lancer pozostanie w służbie do roku 2020, ale ostatnio coraz częściej jest wymieniany rok 2040, jako ostateczny termin wycofania tych maszyn z eksploatacji.
Uzbrojenie thumb|B-1B lecący nad Pacyfikiem B-1B Lancer może przenosić wiele rodzajów konwencjonalnego i jądrowego uzbrojenia bombowego i rakietowego w trzech wewnętrznych komorach bombowych i na sześciu zewnętrznych węzłach podwieszeń. Przewidywano użycie broni jądrowej w postaci bomb B28, B61 i B83, oraz pocisków rakietowych AGM-69A.