Stopień automatyzacji działań pozwala na jego jednostkowe użytkowanie oraz tworzenie z niego baterii obrony powietrznej liczących do sześciu pojazdów. Zainstalowane uzbrojenie i wyposażenie pozwala również na prowadzenie ataków na pojazdy opancerzone i siłę żywą przeciwnika. Podczas działania w ramach baterii jeden Pancyr-S1, poza normalną funkcją wozu ogniowego, pełni rolę stanowiska dowodzenia. Bateria współpracuje z radarem wczesnego ostrzegania 1RŁ123. Stanowisko dowodzenia odbiera od radaru informacje i przydziela cele pojazdom ogniowym wchodzącym w skład baterii. Pojazdy baterii współpracują za pośrednictwem cyfrowej sieci łączności.
Konstrukcja Pojazd produkowany jest w wersjach kołowej, na podwoziu samochodu ciężarowego , BAZ-6309 lub (pierwszy prototyp powstał na podwoziu ), i gąsienicowej, na podwoziu GM-352M1E. Opracowano także wersję arktyczną zestawu, przystosowaną do działań w skrajnie niskich temperaturach.