Przeznaczenie System zapewnia ochronę bliskiego zasięgu przed zmasowanym atakiem w wykonaniu samolotów, śmigłowców czy pocisków broni precyzyjnej poruszających się z prędkościami do 1000 m/s i minimalnej skutecznej powierzchni odbicia mieszczącej się w przedziale 0,03–0,06 m², bez względu na porę dnia, warunki pogodowe i klimatyczne. Jeden wóz systemu Pancyr-S1 jest w stanie kontrolować od 8 do 12 celi na minutę. Zainstalowanie go na platformie kołowej pozwala również na ochronę jednostek znajdujących się w ruchu, np. kolumn wojsk czy ciężarówek z zaopatrzeniem. Jego głównym przeznaczeniem jest ochrona niewielkich obiektów cywilnych i wojskowych o znaczeniu strategicznym, tj. obiekty przemysłowe, energetyczne, petrochemiczne, łączności czy magazynowe. W zastosowaniach militarnych jego zadaniem jest ochrona obiektów szczebla pułkowego. System zapewnia ochronę obiektom o promieniu 50–100 m do 1,5–3 km².