Upadek Rusi Kijowskiej w wyniku najazdu mongolskiego zmienił w zasadniczy sposób sytuację prawosławia na terenie ziem ukraińskich. Metropolia kijowska pozostawała okresowo nieobsadzona lub mająca siedzibę poza Kijowem podlegając patriarchatowi w Konstantynopolu. Więzi z Bizancjum osłabły, choć Konstantynopol nadal pełnił rolę symbolu jednoczącego prawosławie.
Dziedzictwo Kijowa, który na dłuższy czas stracił znaczenie, podjęły trzy ośrodki: halicki, litewski i we Włodzimierzu nad Klaźmą.
Kościół Prawosławny na Ukrainie w wieku XVI pozostawał w większości na terenach będących pod panowaniem Wielkiego Księstwa Litewskiego. Ważną rolę odgrywała metropolia halicka (działająca w latach 1302-1347 oraz 1371-1401) następnie przeniesiona do Lwowa.
Istniała też metropolia litewska, mająca przez pewien czas siedzibę w Nowogródku a następnie w Wilnie, której metropolici tytułowali się m.in. jako kijowscy, haliccy i całej Rusi.
W 1299 metropolita Maksym przeniósł swoją siedzibę do Włodzimierza nad Klaźmą zatrzymując tytuł metropolity kijowskiego i całej Rusi. W 1448 od kijowskiej metropolii wydzieliła się eparchia moskiewska, która nie podporządkowała się Konstantynopolowi.