Słabym krajom bałtyckim, wobec coraz bardziej napiętej sytuacji militarnej w Europie, nie mogła pomóc ani deklaracja neutralności z roku 1938, ani nawet podpisany 7 czerwca 1939 pakt o nieagresji z Niemcami. 14 czerwca 1940 roku Kowno otrzymało sowieckie ultimatum domagające się zmiany rządu i zgody na wejście na terytorium Litwy Armii Czerwonej. 6 sierpnia, na „prośbę ludu litewskiego” o przyłączenie do ZSRR, Litwa, podobnie jak Łotwa i Estonia, została włączona do Związku Sowieckiego jako republika związkowa.
Po zajęciu krajów bałtyckich okręt „Prezidentas Smetona” został wcielony jako „Korałł” do sowieckiej Floty Bałtyckiej (w roku 1945 został zatopiony w Zatoce Fińskiej).
Współczesność left|60px Po ogłoszeniu deklaracji niepodległości 11 marca 1990 roku Litwa przystąpiła do odbudowy państwowości, w tym także sił zbrojnych. 4 lipca 1992 roku odtworzono Litewską Marynarkę Wojenną. Juozapas Algis Leisis został mianowany dowódcą Dywizjonu Straży Przybrzeżnej.