Jesienią roku 1992 Litwie udało się pozyskać od Rosji dwie lekkie fregaty z podziału floty radzieckiej: „Žemaitis” (F11) i „Aukštaitis” (F12). Po przeszkoleniu załóg, w czerwcu 1994 roku „Aukštaitis” wzięła po raz pierwszy udział w międzynarodowych ćwiczeniach BALTOPS (w poprzednim roku litewska marynarka uczestniczyła w nich w charakterze obserwatora). W ten sposób zapoczątkowana została stała współpraca Litewskiej Marynarki Wojennej z flotami sąsiednich krajów nadbałtyckich oraz państw NATO.

Innym kamieniem milowym na drodze rozwoju marynarki wojennej było utworzenie w roku 1993 Zespołu Straży Przybrzeżnej, który później zmienił nazwę na Służba Straży Przybrzeżnej.

1 kwietnia 2004 roku Litwa stała się oficjalnie stałym członkiem NATO i rozpoczęła przyspieszoną modernizację swej marynarki wojennej.