Wśród profesorów UJ aresztowanych i wywiezionych do obozu w Sachsenhausen znalazł się również ówczesny dyrektor Instytutu Geografii Jerzy Smoleński. W czasie II wojny światowej zginęło ogółem 40 geografów, w tym kierownicy 3 z 5 przedwojennych uniwersyteckich katedr geografii: J. Smoleński, S. Lencewicz, S. Pawłowski. Zniszczeniu uległy zbiory biblioteczne i kartograficzne. Polscy geografowie działali jako kartografowie i nawigatorzy w armiach alianckich (w tym w RAF).
Geografia polska po II wojnie światowej Pierwsze lata powojenne były okresem uzupełniania braków kadrowych, nadrabiania strat materialnych, a także 6 letniego dystansu do geografii światowej. Bezpośrednio po wojnie odrodziły się katedry geografii na uniwersytetach w Krakowie, Poznaniu i Warszawie. Powstały też nowe ośrodki geograficzne w Lublinie, Wrocławiu, Toruniu i Łodzi oraz WSE i WSP w Krakowie;