Od 1857 r. był katechetą szkoły miejskiej w Kronsztadzie, zaś od 1861 r. – także miejscowego gimnazjum klasycznego. Pracę tę wykonywał do śmierci.
Działał na rzecz ewangelizacji i propagowania chrześcijańskiego trybu życia wśród mieszkańców Kronsztadu. Kronsztad był wówczas miastem, do którego zsyłano z Petersburga przestępców i ludzi podejrzanych. Plagą w mieście były kradzieże, alkoholizm i prostytucjaP. Basiński, Lew kontra święty, s. 100-103.. Duchowny mimo to regularnie udawał się do najuboższych dzielnic miasta, by nieść pomoc materialną (niekiedy oddawał ubogim nawet własną odzież i obuwie) i prowadzić umoralniające rozmowyP. Basiński, Lew kontra święty, s. 104-106.. Regularnie odwiedzał robotników portowych zamieszkujących położoną poza miastem kolonię baraków, spotykał się z bezrobotnymi i ich rodzinami, przekazywał im dary materialne. Całą swoją pensję, przysługującą mu jako proboszczowi, rozdawał jako jałmużnę. Hierarchia cerkiewna przestała wówczas wypłacać mu wynagrodzenie, przekazując je rodzinie duchownego. Jan Kronsztadzki zachował jedynie wynagrodzenie katechety, które w dalszym ciągu przekazywał biednym. Szybko zyskał ogromną popularność wśród ubogich, którzy przychodzili do niego po dary po odprawianych przez niego nabożeństwach.