19 września 1939 został aresztowany jako cywil i osadzony najpierw w pobliskiej Falenicy, następnie w obozie przejściowym w Ostrołęce, w zabytkowym klasztorze pobernardyńskim, skąd po dwóch tygodniach udało mu się uciec.
W 1940 wstąpił w związek małżeński z Zofią Bartoszewicz i podjął pracę w Sądzie Powiatowym w Piasecznie. Zaangażowany został jako redaktor i szyfrant podziemnej radiostacji. W 1941 zaczął uczęszczać na zajęcia z polonistyki Uniwersytetu Latającego, na którym wykładał prof. Władysław Tatarkiewicz. Sławna postać wykładowcy pozostawiła na osobowości Wojciecha wyraźne piętno. Wiosną 1942 został zdekonspirowany, powrócił do Miedzeszyna i zatrudnił się w urzędzie hipotecznym w Otwocku. Na trzy dni przed wybuchem powstania warszawskiego obronił pracę magisterską pod tytułem „Anatomia rymu polskiego”. Po wkroczeniu Rosjan uległ ciężkiemu wypadkowi, znalazł się na pięć długich miesięcy w polowym szpitalu, który opuścił po dwóch skomplikowanych operacjach, jednak z poważną wadą serca.