Okres XVI i 1. poł. XVII w. to czas szybkiego rozwoju Torunia. Miasto bogaciło się na handlu wiślanym (głównie spław zboża, drewna), składzie soli i towarów solonych, wielkich dorocznych jarmarkach międzynarodowych ustanowionych przywilejem Kazimierza Jagiellończyka w 1472 roku, osiągało ogromne zyski ze swojego 360 km² patrymonium. Rozbudowywano ratusz, gotyckie kamienice przebudowywano w duchu renesansu i manieryzmu niderlandzkiego, bogaciły się rody patrycjuszowskie, działało aż ponad 50 cechów rzemieślniczych, skupiając ponad 700 mistrzów, powstawały wybitne artystycznie dzieła, wśród których m.in. słynne toruńskie wyroby złotnicze, snycerskie, intarsjowane i in. 19 lutego 1473 roku przy ul. św. Anny urodził się Mikołaj Kopernik. W 1500 roku zawieszono na wieży kościoła św. Jana największy w ówczesnej Polsce dzwonu Tuba Dei oraz otwarto drugi po krakowskim i najdłuższy w Polsce drewniany most przez Wisłę. W 1501 roku w Sali Królewskiej Ratusza Staromiejskiego zmarł król Jan Olbracht. 15 czerwca 1528 roku została otwarta w mieście mennica królewska, przy ulicy Mostowej, zastępując dotychczasowe mennice: krzyżacką i miejską. W pierwszej poł. XVI w rozpowszechniła się w Toruniu reformacja, do której przystąpiła znaczna część mieszczan. W 1557 roku Toruń stał się oficjalnie miastem luterańskim.