W 1568 nastąpiło otwarcie Gimnazjum Akademickiego, a w 1594 roku uroczyste podniesienie go do rangi uczelni półwyższej (jednej z pierwszych w kraju). Niebawem powstało pierwsze w północnej Polsce Muzeum. W pierwszej połowie XVII w. Toruń, jako jedno z kilku największych miast Rzeczypospolitej Obojga Narodów zamieszkiwało ok. 18 000 mieszkańców. Z racji swej niezależności, którą zawdzięczał królewskim przywilejom i pozycji gospodarczej, Toruń wraz ze swoim patrymonium – pomimo że leżał na obszarze województwa chełmińskiego i był jego największym miastem – wyłączony był z administracji województwa, stanowiąc jednostkę autonomiczną, samorządną.
XVII wiek to czas osłabienia miasta ze względu na toczące się w jego rejonie wojny. 16 lutego 1629, podczas wojny o ujście Wisły, pod miasto podeszła szwedzka armia dowodzona przez marszałka polnego Hermana Wrangla. Szwedzi próbowali wziąć Toruń szturmem z marszu, co jednak nie powiodło się ze względu na opór miasta. 18 lutego armia szwedzka wycofała się. Król Zygmunt III Waza w uznaniu postawy Torunian zwolnił miasto z podatków.