29 września 1939 r. Kuhn nawiązał kontakt z Theodorem Schiederem i wysłał mu tajne opracowanie Deutsche Dörfer in Mittelpolen unmittelbar jenseits der alten Reichsgrenze. ('Niemieckie wsie w Polsce środkowej bezpośrednio za starą granicą Rzeszy’). Wraz z Schiederem, Aubinem, Brackmannem i kilkoma innymi był współautorem opublikowanego 11 października 1939 r. memoriału w sprawie „germanizacji Poznańskiego i Prus Zachodnich” oraz niezwłocznego „przesiedlenia” z tego obszaru 2,9 mln Polaków i Żydów. Był także członkiem niemiecko-radzieckiej komisji mającej ustalić przebieg granicy zgodny z rzekomym podziałem etnicznym. W latach 1939–1940 prowadził badania rasowe na Wołyniu i w Galicji Wschodniej będące wstępem do przesiedleń stamtąd ludności niemieckiej na tereny Rzeszy.
W roku 1940 formalnie wstąpił do NSDAP. Trzy lata później został wcielony do Wehrmachtu i skierowany na front zachodni. We Francji trafił do niewoli brytyjskiejO tym milczy wspomniana publikacja niemiecka O służbie w Wehrmachcie nadmienia jednak publikacja w nazistowskiej gazecie (informacja o nagrodzie dla Waltera Kuhna w marcu 1944)..