W niepodległym Kazachstanie Dekretem Apostolskiego Administratora Kazachstanu Jana Pawła Lengi z 21 października 1993 proboszczem parafii w Aktobe został ks. Guido Becker, niemiecki kapłan z Moguncji, zaś wikarym ks. Tadeusz Smereczyński, Polak z diecezji lubelskiej. 10 lutego 1994 potwierdzono wezwanie parafii: Rzymskokatolicka Parafia Dobrego Pasterza. Proces państwowej rejestracji parafii zakończył się 30 listopada 1997, kiedy przerejestrowano parafię w wydziale sprawiedliwości rejonu Aktobe.
Msze, do tej pory odprawiane jedynie po niemiecku, zaczęto celebrować również po rosyjsku. Zaczęła zwiększać się liczba parafian. Od 1995 prowadzone jest chrześcijańskie wtajemniczenie dorosłych w formie Drogi Neokatechumenalnej. Na prośbę biskupa Jana Pawła Lengi i proboszcza parafii, dla wsparcia ewangelizacji przyjechały dwie rodziny oraz świeckie siostry z Hiszpanii i Włoch. Na tę misję zostali pobłogosławieni przez Papieża Jana Pawła II (Rodziny w misji).