W maju 1998, po wyjeździe ks. Beckera do Niemiec, biskup Jan Paweł Lenga administratorem parafii mianował ks. Tadeusza Smereczyńskiego, który przybył do Kazachstanu 1 września 1993. Został wikariuszem dnia 21 października 1993. W wyniku nowego podziału administracyjnego Kościoła katolickiego w Kazachstanie, od 7 lipca 1999 aktubińska parafia należy do Administratury Apostolskiej Atyrau. Proboszczem parafii został ks. Smereczyński.
W pierwszej dekadzie XXI w. teren parafii powiększył się dzięki dokupieniu sąsiadujących działek (do 5257 m²). Oprócz małego kościoła, w jego obrębie znajduje się dom ewangelizacyjny, mieszczący też plebanię i pomieszczenia dla przyjeżdżających gości oraz Caritas parafialna (od 2003): stołówka, ambulatorium, łaźnia i pralnia dla ubogich. W 2008 oddano do jej użytku nowy dom.