Trzecią wersją maszyny (ale o rozpiętości zmniejszonej do 20 m) zainteresowanie wyraziło US Air Force, w którym pojawiała się koncepcja nowego wykorzystania bezzałogowych samolotów rozpoznawczych, które obok tradycyjnych zadań rozpoznania, wykrywania i śledzenia, wykonywały by również zadania bojowe polegające na samodzielnym niszczeniu wykrytych celów, ukoronowaniem tej koncepcji nazwanej Hunter/Killer mógł być uzbrojony Predator. W czerwcu 2003 roku Dowództwo Lotnictwa Bojowego (Air Combat Command) zatwierdziło realizowanie powyższej idei co umożliwiło prowadzenie dalszych prób i testów. W grudniu 2002 roku siły powietrzne zamówiły dwa samoloty przedseryjne, nadając im oznaczenie YMQ-9A. W październiku 2003 roku oblatano pierwszy z nich a w listopadzie tego samego roku siły powietrzne zawarły z firmą General Atomics kontrakt na przeprowadzenie fazy demonstracyjnej nowej maszyny oznaczonej jako MQ-9A, która rozpoczęła się w 2005 roku, rok później US Air Force zamówiło kolejne samoloty, których nazwę zmieniono z Predator B na Reaper (żniwiarz). Pod koniec 2006 roku Reaper dokonał pierwszego zrzutu uzbrojenia, zakończonego sukcesem.