Aby sprostać nowym wymaganiom, General Atomics Aeronautical Systems podjął współpracę z agencjami regulującymi ruch w cywilnej przestrzeni powietrznej, amerykańskiej Federal Aviation Administration i brytyjskiej Civil Aviation Authority. Nowa wersja otrzymała nazwę SkyGuardian, znana była także jako Certifiable Predator B.
Na wyposażeniu samolotu znalazł się system wykrywania niebezpieczeństwa i unikania kolizji (Detect and Avoid System). W jego skład wchodzi radarowy system unikania kolizji (Due Regard Radar/DRR) i system zapobiegający zderzeniom statków powietrznych TCAS II. Krawędź natarcia płatów, wlot powietrza do silnika i rurka Pitota wyposażone zostały w system przeciwoblodzeniowy. Zwiększono rozpiętość skrzydeł do 24 metrów oraz zainstalowano na ich końcach winglety. Zwiększono zapas paliwa przenoszonego na pokładzie, dzięki czemu długotrwałość lotu osiągnęła poziom rzędu 40 godzin w powietrzu. Tym niemniej maksymalny czas przebywania w powietrzu uzależniony jest od charakteru wykonywanej misji. Maszyna jest w stanie automatycznie przeprowadzić procedurę startu i lądowania. Zwiększono również masę przenoszonego uzbrojenia z 1400 kg do 2150 kg i liczbę węzłów podwieszeń z sześciu w MQ-9A do dziewięciu.