W 1712 r. nadal było pięciu ubogich, którzy mieszkali w jednym domu szpitalnym, podczas gdy w drugi zajmowali komornicy, płacąc czynsz. Prepozytem szpitala był ks. Jerzy Ciećwierski, który jednocześnie pełnił obowiązki proboszcza bydgoskiego. W 1741 r. propozytem szpitala ustanowiono ks. Antoniego Czyzogórskiego, proboszcza z Jaksic k. Inowrocławia, który sprawował także funkcję kapelana sióstr klarysek w Bydgoszczy. W 1745 r. zanotowano, że jeden z domów szpitalnych przeznaczono dla ubogich wysoko urodzonych (szlachty), zaś drugi przydzielono plebejuszom. Budynki były już wtedy zrujnowane z powodu zaniechania należytej opieki nad placówką przez zubożałe i wyludnione miasto. W kolejnych latach ich stan się pogarszał. W 1779 r. kaplica nie była już używana; brakowało ołtarza i wyposażenia.
W 1802 r. obiekty odnowił ówczesny proboszcz bydgoski ks. Jan Dutkowski. Kaplica otrzymała nowy dach, trzy ołtarze, ambonę, ławki oraz dzwon. Nie wystarczyło to na długo, gdyż w 1817 r. władze pruskie przystąpiły do sprzedaży obiektu. Nabywca – Kulbrunn w 1818 r. postawił w miejscu zrujnowanych zabudowań kamienice, które miały identyczny plan w rzucie poziomym.