Świadczy to, że spoczęły one na starych fundamentach, wykonanych z kamieni i cegieł.
Architektura Świątynię wzniesiono jako skromną budowlę z wydłużonym prezbiterium, stojącą przy drodze wylotowej z miasta. Jest ona przedstawiona na planie i widoku Bydgoszczy wykonanym przez Erika Dahlberga w 1657 r., jak również na planie z 1774 i 1800 r.
Relikty Jednym z reliktów dawnej świątyni są tonda (jeden z inskrypcją SM 83 – Stanislaus Martyr 1582), do 10 sierpnia 2018 wmurowane w ścianie szczytowej kamienicy przy Zbożowym Rynku 3. W związku z jej rozbiórką, tonda przekazano do Muzeum Okręgowego w Bydgoszczy. Innym jest nazwa ulicy wiodącej od Zbożowego Rynku do ul. Długiej, która do 1931 r. nazywała się Szpitalna – od sąsiedztwa dawnego przytułka i kościoła.
Zachowane relikty murów dawnego kościoła, znajdujące się w piwnicach rozebranej w 2018 kamienicy przy ul. Zbożowy Rynek 3, ze względu na bardzo zły stan techniczny zostaną poddane renowacji i zabezpieczone przed wilgocią, rozwojem glonów, grzybów i mchu oraz przed zasoleniem, które powoduje rozsadzanie materiałów i ich osypywanie się. Po zabezpieczeniu mury zostaną zasypane;