Pod koniec 1989 r. struktura departamentu przedstawiała się następująco:
Wydział I (analityczno-informacyjny) Wydział II (ogólnosztabowy) Wydział III (zwalczanie działalności ekstremistycznej w partiach politycznych i organizacjach społeczno-zawodowych) Wydział IV (ochrona tajemnicy państwowej, zabezpieczenie służby zdrowia oraz środowisk naukowo-oświatowych) Wydział V (zabezpieczenie mediów i sfery kultury, zwalczanie wrogiej działalności przebywających w Polsce cudzoziemców) Wydział VI (zabezpieczenie krajowych stowarzyszeń i środowisk mniejszości narodowych) Wydział VII (zabezpieczenie instytucji państwowych i zrzeszeń społeczno-zawodowych) Wydział VIII (zwalczanie działalności terrorystycznej)
W związku z rozwiązaniem Służby Bezpieczeństwa i utworzeniem Urzędu Ochrony Państwa departament zaprzestał bieżącej działalności z dniem 10 maja 1990 r. (z wyjątkiem spraw mających szczególne znaczenie dla bezpieczeństwa państwa). Jego ostateczne zlikwidowanie nastąpiło 31 lipca 1990 r.
Kierownictwo Dyrektorzy Departamentu Ochrony Konstytucyjnego Porządku Państwa MSW: gen. bryg. Krzysztof Majchrowski (28 sierpnia 1989 r. – 3 kwietnia 1990 r.) płk Zbigniew Kluczyński (p.o.) (1 maja 1990 r. – 31 lipca 1990 r.)