Pierwszym dyrektorem dorównującym kwalifikacjami, choć nie doświadczeniem Śniadeckiemu był następca Kodescha Johann Joseph Littrow, który objął funkcję dyrektora Obserwatorium i profesora matematyki i astronomii z początkiem 1808 w wieku 26 lat. Wskutek następstw kampanii napoleońskiej w 1809, zdecydował się wyjechać w 1810 do Kazania, gdzie miał zorganizować obserwatorium. Po jego wyjeździe przez rok pieczę nad Obserwatorium trzymał Joachim Karkowski, nauczyciel gimnazjalny. W 1811 powrócił Łęski, już jako profesor astronomii, po dwuletnich studiach w Paryżu. Podjął starania, aby wyposażyć Obserwatorium w nowe instrumenty, jednak wyniki prac obserwacyjnych były stosunkowo skromne, mimo faktu, że po Kongresie Wiedeńskim w 1815 utworzono Wolne Miasto Kraków jako niezależne państwo a profesorowie uniwersytetu odgrywali w nim dużą rolę polityczną. Od roku 1817 uczelnia nosi dzisiejszą nazwę: Uniwersytet Jagielloński. Współpraca Łęskiego z asystentami Pawłem Krzyżanowskim, a następnie Wincentym Karczewskim nie układała się dobrze, co wpłynęło na jego rezygnację w 1824 i pogłębienie, oczywistego już wówczas, upadku krakowskiego Obserwatorium.
Rozwój Obserwatorium (1825–1916)