doszła do tego jeszcze zakupiona z funduszów Kolegium Fizycznego luneta południkowa.
Po przyłączeniu Krakowa do Austrii uniwersytet uległ reorganizacji. Nowa struktura wydziałowa została przekopiowana z uniwersytetów austriackich, a jej autonomia została znacznie ograniczona w centralistycznym systemie państwa zaborczego. Te nowe okoliczności skłoniły Śniadeckiego do przejścia na emeryturę, jednak nie zrezygnował z działalności obserwacyjnej i zgodził się patronować, aż do 1803, poczynaniom swojego następcy, Józefa Łęskiego, mającego przygotowanie inżynieryjno-wojskowe.
Po wyjeździe Śniadeckiego w 1803 Łęski prowadził za jego przykładem obserwacje astronomiczne, w których pomagał mu profesor mechaniki i hydrauliki, Feliks Radwański. Rok później Łęski wyjechał do Warszawy, po nim – przez kolejny rok – opiekował się Obserwatorium Józef Czech, po którym kierowali formalnie Obserwatorium: prof. Wacław Voit (bardzo krótko), a następnie, przez dwa lata profesor matematyki i miernictwa, Franciszek Kodesch, przeniesiony do Krakowa z uniwersytetu lwowskiego.