Kołłątaj został wybrany rektorem, a Śniadecki został jego sekretarzem. Wykłady prowadził w języku polskim a nie po łacinie, jak było wcześniej. Pierwszy wykład z astronomii, 30 września 1782, z okazji otwarcia Kolegium Fizycznego poświęcił Mikołajowi Kopernikowi i jego teoriom: „Pochwała Mikołaja Kopernika, akademika krakowskiego, astronomii odrodziciela”.
W 1783 rozpoczęto wstępne prace związane z utworzeniem ogrodu botanicznego w miejscu dawnego ogrodu Czartoryskich, który w 1752 kupili jezuici. Po kasacie zakonu został on przekazany Komisji Edukacji Narodowej, która w ramach reformy Akademii Krakowskiej założyła ogród botaniczny jako zakład pomocniczy katedry chemii i historii naturalnej. Śniadecki wystąpił z wnioskiem o utworzenie na jego terenie obserwatorium astronomicznego. W tym celu zaadaptowano budynek z pierwszej połowy XVIII w. Początkowe prace rozpoczęły się w 1787. W tym samym roku Śniadecki udał się w podróż do Anglii, aby poszerzyć wiedzę o potrzebach obserwatorium i niezbędnym wyposażeniu. W drodze przez Niemcy i Francję odnowił dawne znajomości i zawiązał nowe. W Anglii zwiedził uniwersytety w Cambridge i w Oxfordzie, poznał Londyn i Królewskie Obserwatorium Astronomiczne w Greenwich.