Okazało się jednak, iż w rzeczywistości odnaleziono jedynie drewniane palety, które nie należały do samolotu, a plama paliwa została pozostawiona przez statek.
5 czerwca 2009 roku dyrektor departamentu kontroli brazylijskiej przestrzeni powietrznej Ramon Borges Cardoso poinformował, że wydobyte do tej pory szczątki nie należą do wyposażenia zaginionego samolotu.
6 czerwca w pobliżu miejsca, w którym samolot prawdopodobnie się rozbił, odnaleziono ciała dwóch mężczyzn i rzeczy osobiste pasażerów (walizkę z biletem i plecak z komputerem przenośnym) oraz szczątki Airbusa (siedzenie), które zabrano następnie na archipelag Fernando de Noronha. W nocy znaleziono kolejne fragmenty maszyny – m.in. części skrzydła i fotele pasażerów.
23 czerwca agencje prasowe podały informacje o zlokalizowaniu czarnych skrzynek, z zapisem ostatnich chwil lotu. Skrzynki miały znajdować się na głębokości około 5000 m pod poziomem oceanu, co było dodatkowym utrudnieniem w ich wydobyciu. Jak doniosły źródła, sygnały nadawane przez czarne skrzynki zostały odebrane przez francuskie jednostki wojskowe pracujące w rejonie wypadku, a następnie okręt podwodny Nautile wysłany został by dokładnie ustalić miejsce, skąd zostałaby podjęta próba ich podniesienia.