Powikłania specyficzne thumb|Uwidocznienie nerwu krtaniowego wstecznego (łac. nervus laryngeus recurrens; opisany na zdjęciu) w trakcie zabiegu. Jego funkcje bada się za pomocą neuromonitoringu (sondy). Następnie płaty tarczycy zostają oddzielone od tchawicy. Przecięcie nerwu krtaniowego wstecznego prowadzi do trwałego paraliżu mięśnia głosowego (porażenie nerwu krtaniowego wstecznego) i utrzymującej się chrypki. Powikłanie to występuje po mniej niż 1% operacji tarczycy.
Uszkodzenie nerwu poprzez zmiażdżenie lub naciągnięcie prowadzi m.in. również do tymczasowego paraliżu, który jest jednak odwracalny i ustępuje samoczynnie, bez konieczności stosowania dodatkowego leczenia. Obustronne porażenie nerwu krtaniowego wstecznego może prowadzić – poprzez zamknięcie szpary głośni wskutek braku napięcia mięśnia głosowego – do całkowitego przesunięcia tchawicy, grożąc uduszeniem. Stanowi to wskazanie do ewentualnej stałej tracheotomii. Z tego powodu dokładne zidentyfikowanie nerwu krtaniowego wstecznego jest wytyczną medyczną, a w jego przeprowadzeniu bardzo pomocny jest neuromonitoring. Bardzo rzadko (ze względu na technikę operacji łatwiej można tego uniknąć) uszkodzeniu ulega nerw krtaniowy górny.