Niezamierzone usunięcie lub uszkodzenie przytarczyc (łac. glandulae parathyroideae), które w wielu przypadkach trudno zidentyfikować, prowadzi do zaburzenia gospodarki wapniowej w surowicy krwi (hipokalcemii, która występuje w 5% przypadków i w ciągu 12 miesięcy ustępuje w 80%) i związanej z nim tężyczki, którą z reguły łatwo leczyć, podając wapń (w dawce 1,5–3,0 g/d) i witaminę D. Trwała niedoczynność przytarczyc występuje po mniej niż 1–2% operacji tarczycy, a niedoczynność przejściowa po 1–5%. Usunięte lub pozbawione ukrwienia przytarczyce można retransplantować – rozdrobnione zaszywa się w mięśniu. Jeżeli przewiduje się konieczność naświetlań, np. w przypadku anaplastycznego guza tarczycy, możliwe jest także profilaktyczne wycięcie przytarczyc i ich retransplantacja w miejsce oddalone od obszaru naświetlanego (np. do mięśnia przedramienia).
Ryzyko poważnych powikłań w przypadku guza tarczycy zależne jest przede wszystkim od jego położenia i wielkości, w związku z czym niemożliwe jest opisanie go za pomocą wiarygodnych statystyk.