Świątynia św. Ducha była odtąd kościołem zakonnym Klarysek. Przez lata świątynię rozbudowano dokonując jego adaptacji dla potrzeb sióstr. Podwyższono mury i zamknięto sklepieniem, oszkarpowano i nabudowano zakrystię, gdzie usytuowano chór. W latach 1630–1645 dokonano znacznej rozbudowy, dostawiając od zachodu szerszą nawę z wieżą i kaplicą. Oba człony skomunikowano przeprutym w dawnej zachodniej ścianie szczytowej łukiem tęczowym.
Stara świątynia stanowiła teraz jedynie sklepione prezbiterium nowego gotycko-renesansowego kościoła klarysek, który został konsekrowany 17 września 1645 roku i nazwany imionami: św. Wojciecha, św. Klary i św. Barbary.
Architektura Świątynię wzniesiono jako skromną budowlę gotycką orientowaną, salową, z ozdobnym szczytem od zachodu, kwadratową zakrystią od północy oraz kryptą. Prawdopodobnie wnętrze przykrywał strop. Wejście znajdowało się od zachoduJankowski Aleksander. Kościół Klarysek pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny w Bydgoszczy. [w.] Kronika Bydgoska – tom specjalny wydany z okazji wizyty papieża Jana Pawła II w Bydgoszczy.