Dnia 6 czerwca 1990 roku ordynariusz Warni ks. bp Edmund Piszcz utworzył w Węgorzewie nową parafię p.w. Matki Bożej Fatimskiej i powierzył ją zgromadzeniu salwatorianów. Pierwszym proboszczem został mianowany ks. Joachim Strzelecki, który parafię objął 1 lipca 1990 roku. Zaraz też przystąpił on do wybudowania tymczasowej świątyni w formie drewnianego baraku wraz z pomieszczeniem dla duszpasterzy. Od początku też zaczęto organizować od maja do października każdego roku w sobotę i niedzielę w okolicach 13 każdego miesiąca nabożeństwa fatimskie.
Teren nowej parafii zamieszkuje 3746 ludzi, z których do parafii należy ok. 2800 wiernych. Parafię aktualnie obsługuje dwóch salwatorianów. Ksiądz Tadeusz Kochanowicz SDS jest proboszczem, superiorem i ekonomem domu zakonnego oraz kapelanem Szpitala Psychiatrycznego i Policji w Węgorzewie. Pomoc duszpasterską pełni od 1 lipca 2020 roku ksiądz Waldemar Pszeniczny SDS, który jest opiekunem grupy modlitewnej "Odnowy w Duchu Świętym", ministrantów oraz kapelanem Szpitala Powiatowego.