Resztę pognano wraz z ludnością cywilną na plac Zamkowy, mordując po drodze wielu rannych (m.in. na Wąskim Dunaju) oraz cztery sanitariuszki. Z całej grupy ocalało zaledwie ok. 20 osób, które uratowała interwencja niemieckiego lekarza – dr. Müllera. Kilkunastu ciężko rannych zdołało poza tym przeżyć ukrywszy się w piwnicach szpitala. Łącznie zamordowano ok. 430 pacjentów szpitala przy ulicy Długiej 7. szpitale „Pod Krzywą Latarnią” (Podwale 25) i „Czarny Łabędź” (Podwale 46) – w obu szpitalach znajdowało się 2 września około 130 rannych plus personel medyczny. Zaraz po opanowaniu „Czarnego Łabędzia” pijany niemiecki oficer zamordował trzech rannych, a później usiłował zgwałcić opiekującą się nimi sanitariuszkę. Druga grupa Niemców, która przybyła zaraz potem zachowywała się jednak dość poprawnie – żołnierze wydali nawet rannym po kieliszku wódki. W szpitalu „Pod Krzywą Latarnią” ograniczyli się natomiast początkowo do ograbienia rannych i personelu. Po pewnym czasie Niemcy przystąpili jednak do likwidacji obu szpitali. „Pod Krzywą Latarnią” pozwolili opuścić budynek niespełna 20 osobom (w „Czarnym Łabędziu” leżeli sami ciężko ranni). Szpitale zostały następnie podpalone, a przebywający w nich ranni spłonęli żywcem lub zostali zastrzeleni podczas próby opuszczenia płonących budynków.