We wrześniu 1963 roku powstała Federacja Malezji, w skład której weszły stany Federacji Malajów, Singapur, Sarawak i Sabah. Indonezja zerwała z nowo powstałym państwem stosunki dyplomatyczne. W tym samym miesiącu doszło do splądrowania ambasady brytyjskiej w Dżakarcie, a prezydent Sukarno zapowiedział, że Malezja zostanie „zgnieciona” (ganyang, dosłownie: „przeżuta”). Oficjalnie Indonezja nie rościła sobie pretensji do północnej części Borneo, celem Konfrontasi było oderwanie stanów Sarawak i Sabah od Malezji. Indonezja realizowała ten cel przez wspieranie lewicowej partyzantki (powstanie w Sarawaku) w znajdujących się na Borneo stanach i ich destabilizację, przez co Konfrontasi bywa postrzegana jako jedna z odsłon zimnej wojny.
Wymieniając przyczyny, które doprowadziły do Konfrontasi, wspomnieć warto także, że Sukarno widział w utworzeniu Malezji przejaw neokolonializmu, którego był wrogiem. Ocenia się także, że zaangażowanie się Indonezji w konflikt mogło być podyktowane chęcią odwrócenia uwagi od wewnętrznych problemów kraju.