Przebieg Konfrontacja polegała początkowo na przenikaniu niewielkich grup bojowników indonezyjskich, składających się głównie z miejscowych ochotników, przez granicę z Malezją. Grupy te podejmowały następnie działania partyzanckie. Teren tworzyły głównie dżungle, z niewielką siecią dróg. Obronę granicy malezyjskiej zapewniała głównie armia i lotnictwo brytyjskie, chociaż stopniowo wzrastał udział malezyjskich sił zbrojnych. Udział w konflikcie po stronie malezyjskiej brały także siły australijskie i nowozelandzkie. Aktywnie brała udział w konflikcie marynarka brytyjska Royal Navy, wykonując zadania transportowe – w tym przerzucenia wojsk i zapasów z Singapuru, oraz zabezpieczające. Główną rolę odgrywały brytyjskie lotniskowce oraz śmigłowcowce desantowe i ich śmigłowce oraz oddziały komandosów.
Jedną z pierwszych operacji był rajd rebeliantów na miasteczko Limbang na obszarze Sarawaku na początku grudnia 1962 roku. Ponieważ rebelianci wzięli jako zakładników sześciu Europejczyków, dowództwo brytyjskie odbiło jeńców w drodze rajdu kompanii Royal Marines 12 grudnia. Przenikanie indonezyjskich oddziałów dywersyjnych do Sarawaku i Sabahu wzmogło się od kwietnia 1963 roku, a zwłaszcza latem tego roku, po konfrontacyjnym wystąpieniu prezydenta Sukarno, który zapowiedział skruszenie Malezji.