Kwota odstępnego wyniosła 3,75 miliona funtów, co było wówczas rekordem Wielkiej Brytanii. Ówczesny menadżer Blackburn, Kenny Dalglish, poczuł się zachowaniem Keane'a do tego stopnia dotknięty, że do dziś nie podaje Irlandczykowi ręki.
Manchester United W Manchesterze szybko stworzył dobrze rozumiejący się duet z Paulem Incem. W 1997, po zakończeniu kariery przez Francuza Érica Cantonę, Alex Ferguson powierzył mu funkcję kapitana Man Utd. Niedługo potem Keane odniósł kontuzję więzadeł krzyżowych (skutek nieudanego wślizgu na Alfie-Inge Haalandzie), która wyłączyła go z gry na znaczną część sezonu 1997/98. Nieobecność Keane'a miała znaczenie zarówno dla klubu (utrata tytułu mistrzowskiego na rzecz Arsenalu), jak i zespołu narodowego (niepowodzenie w eliminacjach Mundialu 1998).
Po powrocie do wysokiej dyspozycji przyczynił się do kolejnych sukcesów Manchesteru. W 1999 Czerwone Diabły zdobyły mistrzostwo Anglii, Puchar Anglii i Puchar Mistrzów. W półfinale Ligi Mistrzów Keane został ukarany żółtą kartką, która uniemożliwiła mu występ w finale. W 2000 Keane został uznany Piłkarzem Roku w Premiership.