W kwietniu 2001 po raz pierwszy od czasu odniesienia wspomnianej kontuzji zagrał mecz przeciwko drużynie Alfa-Inge Haalanda (wówczas Manchester City) i brutalnie go sfaulował. Został za to ukarany czerwoną kartką. W autobiografii Keane napisał, że żałuje, iż nie potraktował Haalanda jeszcze mocniej, za co został ukarany przez Football Association grzywną i zakazem gry w pięciu meczach. Haaland niedługo potem zakończył karierę. W sierpniu 2002 został zawieszony na trzy mecze i ukarany grzywną za uderzenie łokciem Jasona McAteera. Wywołało to kontrowersje w Anglii, gdyż już przedtem Keane miał w planach poddanie się operacji biodra i okres zawieszenia i tak spędził w szpitalu.
5 lutego 2005 w meczu przeciw Birmingham City zdobył swojego 50. gola w barwach Manchesteru.
Po meczu z Middlesbrough F.C. przegranym 1:4 w wywiadzie dla klubowej stacji telewizyjnej otwarcie skrytykował kilku kolegów z drużyny. Wywiadu ostatecznie nie wyemitowano, ale jego treść przedostała się do opinii publicznej, a kibice Manchesteru United wyrazili swoje poparcie dla słów Irlandczyka.