Ernst został aresztowany podczas podróży poślubnej w porcie Bremy w drodze na Maderę. Drogą powietrzną został przetransportowany do Berlina i wieczorem 30 czerwca rozstrzelany przez komando SS w koszarach w Berlinie-Lichterfelde. Według jednej z wersji Ernst umierał z pozdrowieniem “Heil Hitler” na ustach, według innej do końca przekonywał, że jest niewinny.
Pożar Reichstagu
Karl Ernst jest często wiązany z pożarem gmachu parlamentu Rzeszy, który miał miejsce w lutym 1933. Budynek Reichstagu został najprawdopodobniej podpalony, jednak okoliczności pożaru do tej pory nie zostały wyjaśnione. Według jednej z teorii, opublikowanej w Paryżu w 1933 przez Willego Münzenberga w tzw. Brunatnej Księdze (niem. Braunbuch über Reichstagsbrand und Hitler-Terror, w skrócie Braunbuch), podpalenia miała dokonać grupa SA-manów wraz z Karlem Ernstem na zlecenie Göringa i Goebbelsa. SA-mani mieli przedostać się do gmachu przejściem podziemnym łączącym pałac prezydenta Reichstagu – Göringa – z parlamentem.