Siedzibą fundacji jest Warszawa, a grupy wsparcia prowadzi też w Krakowie, Łodzi, Gdańsku, Szczecinie oraz Lublinie, a także współpracuje ze Stowarzyszeniem Tęczówka w Katowicach, które prowadzi grupę wsparcia dla osób transpłciowych.
Fundacja prowadzi konsultacje psychologiczne dla osób transpłciowych i ich bliskich w siedzibie w Warszawie oraz w Krakowie, a także psychologiczne konsultacje internetowe. Ponadto udziela porad prawnych dla osób transpłciowych odnośnie do sądowej zmiany płci i innych prawnych aspektów tranzycji.
Trans-Fuzja współpracuje z pełnomocnikami Policji ds. Ochrony Praw Człowieka, a także z Biurem Rzecznika Praw Obywatelskich w zakresie przeciwdziałania dyskryminacji osób transpłciowych.
Organizuje warsztaty dla adeptów Centrum Szkolenia Policji w Legionowie. Przygotowuje eksperckie opinie do sądów dotyczące osób nienormatywnych płciowo.