Organizacja została wymieniona na stronie urzędu Rzecznika Praw Obywatelskich jako współpracująca w zakresie przeciwdziałania dyskryminacji ze względu na orientację seksualnąInformacje w serwisie Rzecznika Praw Obywatelskich, dostęp 2009-07-09. W czerwcu 2009 rzecznik Janusz Kochanowski zwrócił się do ministra spraw wewnętrznych i administracji z prośbą o wprowadzenie postulowanych przez fundację specjalnych legitymacji dla osób transpłciowych z dwoma zdjęciami. Wcześniej o takie działanie zwróciła się do niego Trans-Fuzja. Jak napisał rzecznik, legitymacje takie miałyby umożliwić im korzystanie z konstytucyjnych praw, zwłaszcza prawa do prywatności. Obecnie Fundacja wydaje dwu-zdjęciowe legitymacje „Trans Karty” dla osób transpłciowych.
W kwietniu 2011 po konsultacjach z Fundacją Trans-Fuzja Rzecznik Praw Obywatelskich Irena Lipowicz wystąpiła do Minister Pracy i Polityki Społecznej w sprawie braku przepisów regulujących kwestie zmiany danych osobowych w świadectwie pracy w sytuacji zmiany płci przez byłego pracownikaInformacje w serwisie Rzecznika Praw Obywatelskich, dostęp 2011-04-26.