Wojna z Indianami W społeczeństwie Wirginii w tym okresie narastały sprzeczności. Mieszkańcy terenów przygranicznych czuli się pozbawieni wpływu na politykę władzy. Podczas tzw. wojny indiańskiej w latach 1675-1676 osadnicy na terenach przygranicznych, pozbawieni pomocy ze strony gubernatora musieli bronić się sami, co zaowocowało ich niezadowoleniem i niechęcią wobec administracji. W tej sytuacji Bacon postanowił wziąć sprawy obrony granicy w swoje ręce. Sformował z osadników oddziały milicji i po uzyskaniu pomocy Indian z plemienia Occaneechi (mieszkających nad rzeką Roanoke) zaatakował Indian Susquehann. Zgodnie z umową zawartą przez Bacona z sojusznikami cały łup zdobyty w walce miał przypaść Indianom Occaneechi. Jednak po zwycięstwie Bacon zażądał części łupów dla siebie, a wobec odmowy, zaatakował swoich sprzymierzeńców. Zwycięskiego Bacona powitano w Jamestown jak bohatera, ale gubernator Berkeley uznał jego samowolne działanie za zdradę i 26 maja 1676 roku polecił go aresztować. Bacon ukorzył się przed gubernatorem i odzyskał wolność 5 czerwca 1676.