Początek buntu Skrucha jednak nie trwała długo, Bacon szybko zebrał liczącą 500 osób armię i ruszył z nią na Jamestown. 23 czerwca wkroczył do miasta i zażądał od zgromadzenia kolonii powierzenia mu stanowiska dowódcy wszystkich sił walczących z Indianami, grożąc w razie sprzeciwu otwarciem ognia. Zastraszone zgromadzenie przystało na jego żądania. Mianowany dowódcą wyruszył przeciwko Indianom. Tym razem uderzył na zaprzyjaźnione z kolonistami plemię Pamukey, zabijając lub uprowadzając w niewolę wielu jego członków. Tymczasem gubernator Berkeley wykorzystując zaangażowanie Bacona w walkę z Indianami, postanowił pozbawić go dowództwa. Nie udało mu się uzyskać poparcia wojska. Również większość plantatorów z Wirginii popierało Bacona i stało po jego stronie. We wrześniu, Bacon, uprzedzony o zamiarach gubernatora, przerwał swoje operacje przeciwko Indianom i ruszył na Jamestown. 13 września wierne mu oddziały, wykorzystując wzięte do niewoli żony lojalnych w stosunku do gubernatora deputowanych do zgromadzenia, uderzyły na miasto.