Fernández w 1991 roku przeszedł do brazylijskiego klubu SC Internacional, w którym grał do 1993 roku. Razem z klubem Internacional dwukrotnie zdobył mistrzostwo stanu Rio Grande do Sul (Campeonato Gaúcho) - w 1991 i 1992 roku - oraz wicemistrzostwo w 1993 roku.
W 1994 roku rozegrał 35 meczów w klubie SE Palmeiras i w ten sposób przyczynił się do zdobycia przez klub tytułu mistrza stanu São Paulo (Campeonato Paulista). W 1995 roku wrócił do Paragwaju, gdzie do chwili zakończenia kariery w 1997 roku grał w klubie Cerro Porteño. Na rok przed zakończeniem kariery, w 1996 roku, zdążył jeszcze razem ze swym klubem zdobyć drugi w swej karierze tytuł mistrza Paragwaju.
Ostatni raz w karierze zagrał w ligowym meczu Cerro Porteño przeciwko Sportivo Luqueño. Miał wówczas 43 lata, co czyniło go najstarszym grającym zawodowo bramkarzem w historii paragwajskiego futbolu.
W latach 1976–1989 Fernández rozegrał w reprezentacji Paragwaju 78 meczów, w których stracił 88 bramekParaguay - Record International Players. Zaliczył aż 9 startów w turnieju Copa Libertadores - jednak każdy z nich był nieudany, gdyż klub Fernándeza kończył na etapie grupowym lub w 1/8 finału.