W meczu z Meksykiem obronił rzut karny egzekwowany przez Hugo Sancheza, dzięki czemu uratował remis 1:1.
Wciąż będąc piłkarzem klubu Deportivo Cali wziął udział w turnieju Copa América 1987, gdzie Paragwaj odpadł już w fazie grupowej. Fernández zagrał we wszystkich dwóch meczach - z Boliwią i Kolumbią (stracił 3 bramki). W Deportivo Cali grał do 1988 roku, po czym w 1989 roku wrócił do Paragwaju i został bramkarzem klubu Cerro Porteño.
Jako piłkarz klubu Cerro Porteño wziął udział w turnieju Copa América 1989, gdzie Paragwaj zajął czwarte miejsce. Fernández zagrał w sześciu meczach - trzech w fazie grupowej z Peru (stracił 2 bramki), Kolumbią i Wenezuelą oraz we wszystkich trzech meczach fazy finałowej z Urugwajem (stracił 3 bramki), Brazylią (stracił 3 bramki) i Argentyną. Jedynie w grupowym meczu z Brazylią w bramce Paragwaju stał Rubén Ruiz Díaz.
Zagrał także w dwóch meczach eliminacyjnych do finałów mistrzostw świata w 1990 roku - wyjazdowym z Ekwadorem (stracił 3 bramki) i wyjazdowym z Kolumbią (stracił 2 bramki). W końcowym okresie gry w reprezentacji był już tylko zmiennikiem Jose Luisa Chilaverta. W 1990 roku razem z klubem Cerro Porteño zdobył swój pierwszy tytuł mistrza Paragwaju.