Pod rządami Fiodora III Wraz z rozpoczęciem rządów przez Fiodora na dwór carski powrócili Miłosławscy, którym przewodziła carówna Zofia. Rodzina cara zaczęła korzystać ze swoich wpływów rozprawiając się z wrogami. W wyniku ich działań Matwiejew został zesłany na Syberię, bracia Natalii - Iwan i Afanasij - zostają osadzeni w więzieniu nad rzeką Woroneż; dodatkowo Iwan był torturowany. Sama caryca-wdowa wraz z synem trafia do klasztoru w Preobrażenskoje.
Regentka Po bezpotomnej śmierci Fiodora III w kwietniu 1682 r. nastąpił spór o sukcesję. Stronnicy Miłosławskich, których liderką nadal była Zofia, popierali naturalnego kandydata (zgodnie z zasadami starszeństwa) tj. Iwana, najmłodszego z synów Aleksego i Marii. Natalia Naryszkina i jej zwolennicy (m.in. Dołgoruccy, Szeriemietiewowie, dalsza rodzina Wasyla Golicyna - kochanka Zofii) z uwagi na upośledzenie przyszłego cara forsowali kandydaturę 10-letniego Piotra, bardzo dojrzałego i silnego jak na swój wiek syna Aleksego i Natalii.
Sobór ziemski pod wpływem patriarchy Joachima wybrał Piotra na cara Rosji i ustanowił jego matkę regentką na czas jego małoletności. Natalia triumfowała, lecz Zofia nie zamierzała się poddać i rozpowszechniała plotki o nieprawym pochodzeniu Piotra oraz przestrzegała przed objęciem rzeczywistej władzy przez któregoś z braci regentki.