W 533 roku Cesarstwo Wschodniorzymskie, w ramach rekonkwisty Justyniana I, przejęło wyspę.
Rządy arabskie (870–1091)
W 870 podbita przez berberyjską dynastię Aghlabidów z Afryki Północnej (od 839 pierwsze arabsko-muzułmańskie wypady na wyspę, odparte przez Bizantyńczyków). W latach 909–1091 Malta weszła w skład Kalifatu Fatymidzkiego/kalifatu fatymidów. Cywilizacja arabska wywarła ogromny wpływ na ukształtowanie się kultury maltańskiej (głównie w dziedzinie języka); wpływy te pozostawały wyraźne aż do XIII w. Zobacz też: Emirat Sycylii.
Rządy Sycylijczyków (1091–1530)
W 1091 muzułmanie zostali wyparci przez Normanów, co związało losy Malty z Sycylią. W latach 1091–1530 część Hrabstwa Sycylii oraz Królestwa Sycylii. W latach 1266–1283 w posiadaniu Andegawenów. W 1283 zajęta przez Aragończyków, którzy w 1492 wygnali z Malty Żydów.
Rządy joannitów (1530–1798)
thumb|mapa Malty z XVI w. 23 marca 1530 król Hiszpanii Karol V Habsburg podpisał akt, na mocy którego wyspa Malta została przekazana zakonowi joannitów (kawalerów rodyjskich, później kawalerów maltańskich). Rozpoczął się wówczas złoty okres w dziejach wyspy.