Władze gdańskie nie brały jednak pod uwagę faktu, iż zakres kompetencji Komisarza był znacznie szerszy niż jakiegokolwiek przedstawiciela dyplomatycznego, a ponadto między Wolnym Miastem i Polską nie było stosunków dyplomatycznych, bowiem Gdańsk nie prowadził samodzielnej polityki zagranicznej i nie utrzymywał swojego przedstawicielstwa dyplomatycznego w żadnym kraju.

Zadania Komisarz stał na czele Komisariatu Generalnego RP i przy jego pomocy wykonywał swoje zadania. Komisarz był zwierzchnikiem wszystkich polskich urzędów i instytucji na terenie WMG, ponadto był reprezentantem rządu polskiego i wszelka korespondencja pomiędzy polskimi a gdańskimi organami władzy musiała odbywać się za jego pośrednictwem. Zgodnie z konwencją polsko-gdańską z 9 listopada 1920, Polska prowadziła Sprawy Zagraniczne Wolnego Miasta. W tym zakresie miał też pewne kompetencje Komisarz, bowiem opieką polskich placówek zagranicznych mogli być objęci jedynie ci obywatele Gdańska, którzy mieli w paszporcie wizę Komisarza.