Z dniem 1 czerwca 2009 oddział swoim zasięgiem obejmował województwo lubuskie i województwo wielkopolskie..
Struktura organizacyjna Funkcjonowanie Nadodrzańskiego Oddziału Straży Granicznej regulowało Zarządzenie nr 55 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 14 sierpnia 2009 w sprawie nadania regulaminu organizacyjnego Komendzie Nadodrzańskiego Oddziału Straży Granicznej w Krośnie Odrzańskim (Dz. Urz. KGSG Nr 9, poz. 60) z późniejszymi zmianami.
Komendą oddziału kierował Komendant Oddziału przy pomocy zastępców Komendanta Oddziału oraz kierowników komórek organizacyjnych komendy oddziału.
W skład komendy oddziału wchodziły komórki organizacyjne, o których mowa poniżej oraz Zespół Stanowisk Samodzielnych, Zespół Audytu Wewnętrznego i Zespół do spraw bezpieczeństwa i higieny pracy i ochrony przeciwpożarowej.
Zespół Stanowisk Samodzielnych, w skład, którego wchodziły: rzecznik prasowy, kapelan, radcy prawni, Zespół Audytu Wewnętrznego oraz Zespół do spraw bezpieczeństwa i higieny pracy i ochrony przeciwpożarowej, są bezpośrednio nadzorowane przez Komendanta Oddziału.