Komórkami organizacyjnymi komendy oddziału były: Wydział Prezydialny Wydział Graniczny Wydział Operacyjno-Śledczy Wydział do Spraw Cudzoziemców Wydział Koordynacji Działań Wydział Łączności i Informatyki Wydział Kadr i Szkolenia Wydział Finansów Wydział Techniki i Zaopatrzenia Wydział Zabezpieczenia Działań Wydział Ochrony Informacji Niejawnych Samodzielna Sekcja Nadzoru i Kontroli Samodzielna Sekcja Analizy Ryzyka Publiczny Zakład Opieki Zdrowotnej Lubuskiego Oddziału Straży Granicznej z siedzibą w Krośnie Odrzańskim Polsko-Niemieckie Centrum Współpracy w Świecku Strzeżony Ośrodek dla Cudzoziemców w Krośnie Odrzańskim.
Od 1 stycznia 2010 NoOSG realizował w oparciu o 10 placówek Straży Granicznej: Placówka Straży Granicznej w Olszynie Placówka Straży Granicznej w Zielonej Górze-Babimoście (granica zewnętrzna – lotnisko) Placówka Straży Granicznej w Świecku Placówka Straży Granicznej w Kostrzynie nad Odrą Placówka Straży Granicznej w Poznaniu-Ławicy (granica zewnętrzna – lotnisko) Placówka Straży Granicznej w Kaliszu Placówka Straży Granicznej w ZgorzelcuOd 1 października 2009 w NoOSG. Placówka Straży Granicznej w SzczecinieRozformowana 16 sierpnia 2013. Na bazie rozformowanych PSG w Szczecinie, PSG w Szczecin-Port i PSG w Goleniowie została utworzona nowa PSG w Szczecinie.