Królowi Aragonii udało się utrzymać tytuł króla Nawarry i większość część kraju, jednak musiał oddać Alfonsowi prowincje La Rioja, Logrono i Calahora.
Umocniwszy się na tronie król zwołał synod, którego postanowienia zreformowały organizację kościoła kastylijskiego i zmienił liturgię kościelną. Odtąd kler niezmiennie popierał króla, co znalazło odzwierciedlenie we wskrzeszeniu idei rekonkwisty. Król Alfons VI utrzymywał bliskie kontakty z królestwem Francji, skąd pochodziła większość jego żon. Do królestwa kastylijskiego przybywało wielu duchownych francuskich, osiedlali tu się także rycerze francuscy lub burgundzcy. Jednym z nich był Henryk, najmłodszy syn księcia Burgundii, który poślubił pochodzącą z nieprawego łoża córkę Alfonsa. Z Francji, z opactwa w Cluny, pochodził także arcybiskup Toledo Bernard de Sedirac, który został nim w 1086 roku. Dzięki królowi Alfonsowi zostały wznowione, słynące na całą Europę, pielgrzymki do sanktuarium św. Jakuba w Santiago de Compostela.