Po reformach Sejmu Czteroletniego również określenie to w kawalerii zastąpiono terminem szwadron.
Początkowo chorągiew dowodzona była przez rotmistrza, ale od początku XVII wieku coraz częściej na jej czele stawał porucznik. Później dowodzili nią chorąży lub namiestnik.
W średniowieczu W Koronie Królestwa Polskiego chorągwie dzieliły się na cztery rodzaje: chorągwie królewskie – przyboczne oddziały towarzyszące królom polskim; chorągwie ziemskie – złożone ze średniej i drobnej szlachty posiadającej swoje dobra w granicach danej ziemi lub prowincji, oraz podległych im jednostek terytorialnych, jak kasztelanie i opola. Chorągwiami tymi dowodzili miejscowi dygnitarze reprezentujący władze królewskie: starostowie, kasztelanowie lub wojewodowie, a na szczeblu niższym przedstawiciele regionalnej administracji królewskiej jak wójtowie miejscy oraz sołtysi wiejscy; chorągwie rodowe – składały się z rycerzy należących do jednego rodu pieczętujących się tym samym herbem rodowym. Organizowali je oraz dowodzili nimi najbogatsi możnowładcy, których stać było na uzbrojenie oraz wyposażenie wojska; chorągwie zaciężne – złożone z rycerzy najemnych służących w zamian za żołd lub łupy.
W wieku XV–XVI W XVI wieku chorągiew (rota) stanowiła głównie jednostkę organizacyjną, natomiast jednostką taktyczną był huf.