W katedrze zniszczono wówczas wiele ołtarzy i obrazów.
Na wiosnę 1546 roku nawiedziły miasto i katedrę dwa groźne pożary, w wyniku których zniszczeniu uległy tynki, malowidła oraz witraże w oknach. Kiedy działania wojenne w 1567 w ramach I wojny północnej doszły do granic Linköping, jego mieszkańcy podpalili miasto i uciekli na wschód. Dach katedry spłonął, część sklepień runęła, a wyposażenie przepadło. Kiedy król Jan III Waza wkroczył do miasta, zezwolił na naprawę dachu. W 1582 podarował on katedrze ołtarz, dzieło holenderskiego mistrza Martena Jacobszoona Heemskerka van Veena, wiszący obecnie na ścianie południowej. Remont katedry był w zasadzie ukończony w 1596 roku, jedynie miedziany dach zastąpiono poszyciem z gontu.
W 1623 roku zbudowano po południowej stronie świątyni wolno stojącą dzwonnicę. Została ona rozebrana, w latach 1747–1758.
W II połowie XVII wieku znany rysownik Erik Dahlbergh rozpoczął swoje podróże po Szwecji, w czasie których sporządzał ryciny miast i pojedynczych budowli, w tym katedry w Linköping.