thumb|Luter palący bullę papieską W pierwszym ćwierćwieczu XVI stulecia wielu ludzi pragnęło reformy Kościoła. W 1517 roku w Wittenberdze wystąpił ze swoimi 95 tezami Marcin Luter, krytykując w nich m.in. praktykę sprzedawania odpustów, z których Kościół pozyskiwał środki na finansowanie budowy bazyliki św. Piotra w Rzymie. Protestanci odrzucili kulty świętych oraz Marii, a także prymat papieża, utrzymując, że wiele dogmatów katolickich nie ma żadnego potwierdzenia w Biblii; krytykowali także zbyt wystawne i rozwiązłe życie papieży i biskupów. Marcin Luter zarzucał klerowi wyższych warstw wystawne życie, brak wykształcenia niższych hierarchów, włącznie z analfabetyzmem, płatne odpusty oraz celibat.
Marcin Luter szybko znalazł wielu zwolenników, a rozpoczęty przez niego ruch w Niemczech uległ wkrótce radykalizacji. W Szwajcarii, na obszarze języka niemieckiego (Zurych), podobny ruch reformacyjny zapoczątkował Ulrich Zwingli, a na obszarze języka francuskiego (Genewa) Jan Kalwin. Niektórzy władcy popierali nowy ruch, lecz nie odeszli od katolicyzmu, inni wprost opowiedzieli się za reformacją. Król angielski Henryk VIII zwalczał naukę Lutra, jednak z osobistych i państwowych racji doprowadził Kościół w Anglii do schizmy.