W Kościele katolickim powoli przeprowadzano reformę, najpierw w małych kręgach duchownych i świeckich. Przeciwdziałanie reformacji było jednym z głównych powodów zwołania soboru trydenckiego (1545–1563).
Rozłam jednego zachodniego chrześcijaństwa na katolickie i ewangelickie nie zahamował rozwoju misji katolickich, zaktywizowanych odkryciami geograficznymi.
Odnowa trydencka (1564–1648) Uchwały soboru trydenckiego były źródłem odnowy religijnej i kościelnej. Realizowali je papieże potrydenccy i ich nuncjusze, biskupi i kapłani nowej formacji, zakony nowe (np. jezuici) i zreformowane dawne, święci, których w tym okresie było wielu i misjonarze. Dla misji wydarzeniem wielkiej wagi było utworzenie Kongregacji Rozkrzewiania Wiary.
Niezdefiniowana na soborze kwestia prymatu papieskiego powodowała różnice w poglądach, przez co dzieło kardynała Roberta Bellarmina o władzy papieskiej dostało się na indeks. Galileo Galilei został krytycznie osądzony z powodu swoich herezji, a niepotwierdzona wówczas naukowo rozprawa Kopernika znalazła się na indeksie. Kościół nie dokonywał metodycznego porównywania wyników nauk eksperymentalnych i matematycznych z prawdami objawionymi.